Kovács Antal 1908-ban vásárolta meg Krigovszky János paprikamalmát, az egykori gőztéglagyárat, amit átépített gabonamalommá és Margit Malomnak nevezte el. A kisteljesítményű malom helyett Kovács Antal hamarosan új, korszerű malom építésébe kezdett. A város közepéhez közelebb 1911-ben kezdték meg az új malomépület építését, amely 1912. január 15-re készült el. A malom 1914 folyamán társas vállalkozássá alakult, az évek folyamán bővítették, és a teljesítménye is növekedett.

1928-ra a malom eladósodott melyet egy bankcsoport Margit Gőzmalom és Terményforgalmi Rt néven működtetett tovább. A világgazdasági válság a malom fölött sem múlt el nyomtalanul. 1933 végére a Margit Malom működésképtelenné vált. 
Ekkor Friedrich Antal vette bérbe az álló malmot és megindította az őrlést. A malom feleslegessé vált épületeiben pedig paprika beváltóhelyet alakított ki, ami 1941-ig működött a Margit Malomban. Ebben az évben járt le Friedrich Antal malomigazgató bérleti szerződése. A Margit Malom részvénytársasággá alakult, 1949-ben pedig államosították, így lett a későbbiek során a Bács-Kiskun Megyei Gabonaforgalmi és Malomipari V. kalocsai malma. Később a malom elavult berendezéseit korszerűsítették és további gabonaraktárakat is építettek.
1991-ben a malom Viktória Első Magyar Gabona Rt néven részvénytársasággá alakult, amelytől a Margit Malmot 1998. ápilis 1-én az Agrimill Rt bérbe vette, majd megvásárolta.